定制开发app到底要多少钱 干货共享 | 生信分析悭吝用

Circos简介定制开发app到底要多少钱

由加拿大的生物信息学家Martin Krzywinski等东说念主建立的Circos，一个至极酷炫的基因组数据可视化软件,它突破了旧例基因组学数据可视化的念念路，大要将基因组数据映射到环形的基因组坐标上，用互相嵌套的环说念来展示基因组数据，还不错通过集中线来呈现基因组区块之间的谈判。不错从不同眉目全办法面目组学信息，让组学数据展示酿成了艺术品。

Circos安设

在Circos官网的下载页面（http://circos.ca/software/download/），不错找到Circos最新版的下载通顺，其中circos-0.69-9.tgz是当今最新版的安设包，而circos-course-2017.tgz则是配套的教程数据。

解压下载的软件包到你想要存放的位置，将circos/bin加入环境变量即可。

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-9.tgz

tar -zxvf circos-0.69-9.tgz

echo "export PATH=\$PATH:`pwd`/circos-0.69-9/bin" >> ~/.bash_profile

source ~/.bash_profile

由于Circos是基于perl言语建立的，是以perl言语编译器的安设是必须的（薄情Perl 5.8.x及以上版块），除此除外还需要许多perl依赖模块，不错通过测试稽查空乏哪些模块并安设。详备的准备条目不错见http://circos.ca/software/requirements/。

通过circos -modules大喊不错稽查谈判Perl模块的安设情况，容易出问题的主若是GD。GD模块是一个图像谈判的源码库，它需要许多前置的依赖包和依赖软件，不错参考这篇博文：非root用户perl GD模块的安设 | 寂寥先生

http://starsyi.github.io/2016/05/31/非root用户perl-GD模块的安装/

所需模块安设实现后，就不错尝试运转一下Circos，如果不出现报错信息，一般就莫得问题了。

circos -v

Circos安设

Circos的运转大喊很简便，运转后，会在大喊行现时目次下生成circos.png和circos.svg两个图形文献。

circos -conf circos.conf

如果班师运转circos大喊，方法会在默许的旅途下自动搜寻名为circos.conf真的立文献。

需要注意的是，Circos仅仅一个数据可视化器用，并分歧数据本人进行分析惩处。Circos的大喊使用至极简便，可是确立文献至极复杂。从其运转大喊就可看出，总共的图形确立信息、数据文献信息等齐被保存在*.conf文献中。

确立文献中一般包含以下几个部分

# karyotype 核型信息的文献

karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt

# ideogram 圈图的主体，总共这个词图的骨架，定制开发app到底要多少钱其他总共的细节齐是依附于这个主体的坐标而存在的。

<<include ideogram.conf>>

# ticks 添加刻度线

<<include ticks.conf>>

#往图里面添加需要涌现的数据

# links 关联图，以弧线集中涌现基因组里面区域之间的谈判

<<include links.conf>>

# hightlishts 高亮图，将某些特定区域展示出来

<<include hightlishts.conf>>

# plots 多样数据图型：Histograms（直方图）、Heatmaps（热图）、Text(翰墨)、Scatter Plots（散点图）、Line Plots（线图）

<plots>

<<include plots_histogram.conf>>

<<include plots_heatmap.conf>>

<<include plots_text.conf>>

<<include plots_scatter.conf>>

<<include plots_line.conf>>

</plots>

# 插入必须的并不常修改的圭臬参数

<image>

<<include etc/image.conf>>

</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

<<include etc/housekeeping.conf>>

需要注意的是：

Circos真的立文献后缀为.conf，实践是标记性文本格局的，通常于HTML或者XML，每个标签对代表一个确立块，肇端标记为，阻隔标记为。

每个标签对不错使用屡次，或者互相嵌套。参数的界说有全局界说和局部界说的鉴别，外层的界说关于层内的总共实例齐是有用的，而层内的界说则是优先级最高的。

<plots>

fill_color = grey

<plot>

<rules>

<rule>

condition = var(value) < 0

fill_color = blue

</rule>

<rule>

condition = var(value) > 0

fill_color = red

</rule>

</rules>

type = histogram

“我想整个一生我都没有如此吃惊过，”基根-布拉德利星期二在纽约纳斯达克总部正式以莱德杯队长身份亮相时说，“我完全不知道。我花了一段时间才回过神来。

第1-4位号码分析：历史同期第182期出现范围在01-30区段，号码012路比为7：2：3，去年同期开出奖号：01+09+12+14，号码012路比为2：1：1。

……

</plot>

<plot>

……

</plot>

</plots>

如以上示例，fill_color = grey关于对中总共实例齐有用，除非实例里面我方从头界说，如里面嵌套的第一个对中的界说rules: value > 0 时fill_color = red，value < 0 时fill_color = blue。

表面上咱们不错把总共真的立写在合并个文献中，也不错把每个确立块齐分开到不同的文献中写，临了调解调用。

调用导入确立的基本格局是：

<<include etc/*.conf>> #etc/*.conf即是要导入真的立文献的相对或者填塞旅途

其中最基本真的立文献齐放在“circos-0.69-9/etc”底下，主若是：

Housekeeping.conf #基本框架确立，circos必不成少真的立文献，一般班师导入即可。

fonts.conf #字体确立文献。

patterns.conf #模式确立文献,生成circos.png和circos.svg文献。

colors.conf #心思确立文献，导入了colors.brewer.conf、colors.hsv.conf和colors.ucsc.conf。

参考文献

Krzywinski M, Schein J, Birol I, Connors J, Gascoyne R, Horsman D, Jones SJ, Marra MA. Circos: an information aesthetic for comparative genomics. Genome Res. 2009 Sep;19(9):1639-45. doi: 10.1101/gr.092759.109. Epub 2009 Jun 18. PMID: 19541911; PMCID: PMC2752132.

Schroeder MP, Gonzalez-Perez A, Lopez-Bigas N. Visualizing multidimensional cancer genomics data. Genome Med. 2013 Jan 31;5(1):9. doi: 10.1186/gm413. PMID: 23363777; PMCID: PMC3706894.

Simonetti FL, Teppa E, Chernomoretz A, Nielsen M, Marino Buslje C. MISTIC: Mutual information server to infer coevolution. Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(Web Server issue):W8-14. doi: 10.1093/nar/gkt427. Epub 2013 May 28. PMID: 23716641; PMCID: PMC3692073.

Cui Z, Cui Y定制开发app到底要多少钱, Zang T, Wang Y. interacCircos: an R package based on JavaScript libraries for the generation of interactive Circos plots. Bioinformatics. 2021 Apr 8:btab232. doi: 10.1093/bioinformatics/btab232. Epub ahead of print. PMID: 33830205.

• 分析
• 干货
• 共享
• 生信